Oleh karena proses pembelajaran merupakan inti dari pendidikan, maka Islamic Boarding School (IBS) Al Hamra melaksanakan proses pembelajaran yang menyeluruh (integral), terpadu dan terus menerus (berkelanjutan), dengan memanfaatkan seluruh perangkat, metode, media dan fasilitas yang disediakan serta menggunakan sistem perencanaan (penjadwalan), pengawasan dan evaluasi. Seluruh proses pembelajaran di Islamic Boarding School (IBS) Al Hamra berpatokan pada kurikulum, program-program dan target output dengan mengacu pada hal-hal berikut :

1. Pembelajaran hafalan Al Qur’an, Hadist dan Doa-doa merupakan target utama
2. Pembelajaran kurikulum nasional dan kepesantrenan diarahkan agar nantinya para santri siap melanjutkan jenjang pendidikan berikutnya dengan hasil yang memuaskan
3. Pembimbingan ibadah wajib dan sunnah dalam keseharian, yakni sholat berjamaah di masjid, sholat sunnah rawatib, sholat tahajud, dzikir pagi-sore, tilawatul qur’an, dan puasa-puasa sunnah
4. Pembinaan aqidah, ilmu syar’i dan akhlaq dalam keseharian, yang dibarengi dengan aspek kepedulian, kemandirian dan kedisiplinan sebagai bekal dalam kehidupan nyata
5. Pelatihan-pelatihan khusus untuk mengembangkan skill kepemimpinan dan kewirausahaan